A Educação Física tem como objetivo despertar no educando o interesse e o envolvimento com as atividades e exercícios corporais, gerando convivência harmoniosa e construtiva com o grupo escolar que está inserido e extrapolando o aprendizado para o convívio em sociedade como um todo. Tal contribuição no processo educativo pretende fazer com que o educando seja capaz de reconhecer e respeitar as características físicas e desempenho de si próprio e de outros indivíduos, sem segregar, desmerecer ou depreciar outras pessoas por qualidades peculiares do ser humano como indivíduo.

Além das aulas de Educação Física, o Colégio de Aplicação oferece escolinhas de esportes em regime de parceria com profissionais especialistas em cada esporte oferecido.

Os jogos internos acontecem anualmente e contemplam esportes coletivos (futebol, basquetebol, voleibol, basquete de trio, boliche em equipe e handebol), individuais (atletismo, tênis de mesa, xadrez e boliche), entre outros. A equipe de Educação Física promove também, junto a equipe gestora, caminhadas, intersalas e torneios interescolares.